Nella registrazione manuale di fatture, la funzione che, in presenza di ritenuta d'acconto, aiuta a calcolare i dati fiscali non è studiata per operare in presenza di fatture con più aliquote Iva (ad esempio 1000 Euro + Iva 10% e 400 Euro + Iva 20%). In questi casi la procedura va comunque confermata con la singola aliquota ma poi i dati fiscali e della ritenuta d'acconto andranno rettificati manualmente nella finestra del movimento. E' utile attivare, inoltre, la spunta sul campo Escludi movimento dalla verifica di congruità dati al fine di evitare una errata segnalazione di problemi da parte della procedura di verifica dei dati presente nelle elaborazioni fiscali.
Registrazione di fatture elettroniche: ovviamente in questo caso i dati vengono compilati automaticamente nella maniera corretta.
Per funzionare correttamente ed in qualsiasi condizione la gestione di più aliquote Iva richiederebbe all'amministratore l'inserimento di una maschera con molti più dati di quelli previsti. Un lavoro più lungo e dispersivo di quello richiesto, invece, per riportare tali dati manualmente nella finestra del movimento.